การคัดเลือกเชื้อเห็ดขยายพันธุ์และการถ่ายเชื้อเห็ดจากอาหารวุ้นลงในเมล็ดข้าวฟ่าง
เชื้อเห็ดที่เลี้ยงบนอาหารวุ้นเมื่อมีการเจริญเต็มผิวหน้าวุ้นก็ยังเป็นเชื้อที่อ่อนอยู่ ไม่ควรนำไปใช้ แต่ถ้าทิ้งไว้หลายวันแล้วเชื้อยังไม่ลามเต็มผิวหน้าวุ้น ซึ่งแสดงว่าเส้นใยเดินผิดปกติ เพราะอาจมีเชื้ออื่นปะปนอยู่ ก็ไม่ควรนำมาใช้เช่นกัน ระยะของเชื้อที่เหมาะจะนำมาใช้คือระหว่าง 7 – 10 วัน ไม่ควรเก็บไว้นานกว่านี้เพราะจะเหนียวแก่อ่อนตัวลง ถ้าเชื้อหมดอายุต้องเริ่มต้นเขี่ยเนื้อเยื่อจากดอกเห็ดใหม่เหมือนวิธีแรก
ขวดเมล็ดข้าวฟ่างที่นึ่งเรียบร้อยแล้ว จะยังเป็นเพียงเมล็ดพืชที่ต้มแล้วเท่านั้นถ้ายังไม่ใส่เชื้อเห็ดลงไป เราจึงต้องเอาเชื้อเห็ดจากขวดอาหารวุ้นที่ได้คัดเลือกและเตรียมไว้แล้ว นำมาถ่ายเชื้อหรือต่อเชื้อในเมล็ดข้าวฟ่างเสียก่อนจึงนำไปใช้ได้
การเขี่ยเชื้อจากอาหารวุ้นลงในขวดเชื้อ การปฏิบัติก็ทำเช่นเดียวกันกับการทำอาหารวุ้น คือต้องทำภายในตู้เขี่ยเชื้อ โดยเลือกขวดเชื้อที่เส้นใยเจริญเต็มผิวหน้าวุ้นใหม่ ๆ ใช้เข็มเขี่ยลนไฟให้ร้อนแดง ตัดเอาอาหารวุ้นที่มีเส้นใยติดมาด้วยให้ชิ้นมีขนาด 1 ตารางเซนติเมตร ถ้าชิ้นเล็กไปอาจจะแห้งเสียก่อนที่เชื้อจะเจริญออกมา ทำนองเดียวกันถ้าชิ้นโตเกินไปก็อาจทำให้คับปากขวด ทำให้ทำงานไม่สะดวก นำวุ้นวางลงในขวดตรงกลางเมล็ดข้าวฟ่าง ใช้วิธีเอนขวดให้เมล็ดข้าวฟ่างเอนกระจายลงแบนราบเล็กน้อย แล้วจึงวางวุ้นลงไปตรงกลาง พอตั้งขวดเมล็ดข้าวฟ่างก็จะกลบชิ้นวุ้นตรงกลางขวดพอดี
การวางเชื้อวุ้นในเมล็ดข้าวฟ่างลักษณะดังกล่าว เส้นใยเห็ดจะเจริญเป็นวงกลมกระจายกันได้ทั่วทั้งขวด เป็นวิธีที่นิยมมากกว่าการวางวุ้นลงด้านบนของเมล็ดข้าวฟ่าง ซึ่งเส้นใยเห็ดจะเจริญลามมาจากด้านบนลงมาใช้สำลีอุดปากขวดเช่นเดิม แล้วใช้กระดาษปิดทับรัดด้วยยางทำเช่นนี้ทุกขวด ตามจำนวนที่ต้องการ
นำขวดเชื้อไปวางเก็บไว้ในห้องที่มีอุณหภูมิปกติ เพื่อรอให้เส้นใยเจริญเต็มขวด อาจนำไปวางในห้องที่มืดก็ได้เพราะมีรายงานว่าเห็ดนางฟ้า เห็ดนางรม เจริญเติบโตได้ดีในขณะที่ไม่มีแสง ประมาณ 8 – 12 วัน เส้นใยก็จะเจริญเต็มเมล็ดข้าวฟ่าง เชื้อที่เส้นใยเจริญเต็มขวดใหม่ ๆ อยู่ในระยะที่แข็งแรงมากเหมาะที่จะนำไปใช้งาน ไม่ควรเก็บไว้นานเกินไป เพราะจะทำให้ความแข็งแรงลดลงเรียกว่าเชื้อแก่ และยิ่งเก็บไว้นานนอกจากมีโอกาสที่เชื้อจะมีเชื้อปนได้ง่าย เชื้อจะเหนียวมากขึ้น การตัดหรือถ่ายเชื้อเมื่อเวลาใช้ก็ทำได้ไม่ค่อยสะดวก
หัวเชื้อชนิดนี้สามารถที่จะนำไปใช้จำหน่ายให้แก่ผู้ที่ต้องการนำไปลงในก้อนเชื้อได้ทันทีหรืออาจนำมาใช้ใส่ลงในก้อนเชื้อภายในฟาร์มเองก็ได้ การเพิ่มหรือขยายหัวเชื้อในเมล็ดข้าวฟ่าง ก็มีหลักการเดียวกันกับการเพิ่มจำนวนเชื้อบนอาหารวุ้น คือไม่จำเป็นต้องใช้เชื้อวุ้นมาเขี่ยใส่เพื่อให้ได้จำนวนมาก ๆ เพียงแต่ใช้หัวเชื้อจากขวดที่เส้นใยเจริญเต็มที่แล้ว ถ่ายใส่ขวดเมล็ดข้าวฟ่างที่ผ่านการนึ่งฆ่าเชื้อแล้ว ประมาณขวดละ 20 – 30 เมล็ด โดยใช้ช้อนที่มีปากแคบและด้ามยาว ตักหรือเทออกมาจากขวดที่มีเส้นใยเจริญเต็มแล้วลงในขวดเมล็ดข้าวฟ่าง ได้ตามจำนวนที่ต้องการ แต่ต้องทำในตู้เขี่ยเชื้อเช่นกันและที่สำคัญต้องไม่ต่อเชื้อมากรุ่นเกินไปเพราะจะทำให้เชื้ออ่อนลงได้ ถ้าหากเห็นว่าเชื้อเริ่มอ่อนลงแล้ว ก็ควรเอาเชื้อจากอาหารวุ้นมาถ่ายใส่ใหม่ ทำเช่นนี้เราก็จะได้หัวเชื้อที่อยู่ในสภาพแข็งแรง